Può succedere che qualche applicazione alteri i parametri della scheda audio (volumi, equalizzazioni, ecc.) e/o del driver ALSA. A me succede a volte con amaroK. Per ripristinare la configurazione iniziale, cioè quella dopo il boot, chiudere le applicazioni che stanno usando la scheda audio e digitare:

su -c "/sbin/alsactl restore"